En amont du Contrat Territorial Eau, un diagnostic du territoire portant sur les cours d'eau principaux et les marais des Olonne et du Payré a permis de faire un état des lieux qui a révélé plusieurs faits :
- Le lit des cours d’eau est fortement dégradé du fait du colmatage sédimentaire dû à des apports diffus du bassin versant, des travaux hydrauliques et la présence de nombreux embâcles en travers des cours d’eau;
- La ripisylve (végétation le long des cours d'eau) et les berges sont quant à eux principalement impactées par des travaux hydrauliques, l’absence de végétation et le piétinement bovin;
- La continuité écologique présente un bilan plutôt satisfaisant, le territoire faisant état de peu de gros ouvrages structurants sur les cours d’eau. Cependant, on dénombre 132 obstacles (passages busés, plans d’eau sur cours, batardeaux, seuils, etc) ayant un impact sur les conditions de circulation piscicole;
- Au niveau des marais, l’état des lieux permet en partie de diagnostiquer l'état d'envasement du réseau hydraulique d'alimentation des marais (cordes, courçons) et l'état des berges : des secteurs sont identifiés pour des travaux.
Ainsi, les acteurs du territoire ont pu établir des objectifs pour la stratégie 2020-2025 pour la préservation et la restauration des milieux aquatiques :
- Préserver les cours d'eau et les zones humides dans le cadre de l'aménagement du territoire (documents d'urbanisme)
- Rétablir la continuité écologique sur les 10 ouvrages prioritaires du territoires et atteindre les objectifs de taux d'étagement fixés dans le SAGE
- Restaurer la morphologie sur les cours d'eau prioritaires
- Faire des travaux hydrauliques, de protection des berges et plans de gestion dans les 2 marais rétro-littoraux afin de maintenir les usages en place
- Améliorer les connaissances et engager des actions concernant l'impact cumulé des plans d'eau en tête de bassin versant sur les cours prioritaires
Le programme d'action du volet milieux aquatiques du CTEau a pour but de réaliser ces objectifs.